应用化学系创办于1959年（原名抚州地质专科学校三系），当年即开始招收“放射性岩石分析”专业的本科生。

本系现有专任教师50人，其中教授13人（二级教授6人），博士35人，国家杰青1人，享受国务院政府特殊津贴专家2人，全国优秀教师2人，教育部新世纪优秀人才2人，江西省主要学科学术和技术带头人4人，“赣鄱英才555工程”领军人才2人，井冈学者1人，江西省杰青2人。

本系现拥有化学一级学科硕士点和应用化学本科专业。应用化学专业2018年入选江西省一流专业，2019年入选国家一流专业；2017年的专业综合评价中，本专业排名位居全省第二名。化学学科为江西省“十一五”、“十二五”重点学科，“十三五”一流学科，国家国防特色学科，是我校第一个进入ESI全球排名前1%的学科；1998年获分析化学专业硕士学位授予权，2010年获化学一级学科硕士授予权。

本系拥有江西省首个高等学校学科创新引智基地（质谱科学与仪器学科创新引智基地）、质谱科学与仪器国家级国际联合研究中心等国家级平台，江西省2011协同创新中心、江西省高水平实验室、江西省重点实验室、江西省院士工作站、江西高校实验教学示范中心等省部级平台；拥有1个教育部创新团队，2个江西省优势科技创新团队，1个江西省教学团队。近年来获江西省教学成果一等奖3项、二等奖3项，获江西省自然科学一等奖4项、二等奖2项、三等奖2项。

本专业创办至今共为国家输送了3000多名优秀的本科毕业生，就业场所遍布核行业、科研院所、高等院校和企事业单位，如清华大学、中国原子能科学研究院、核工业北京地质研究院、核工业北京化工冶金研究院等；也有相当一部分毕业生考取了中国科学院大学、清华大学、南开大学、复旦大学、中国科技大学、中山大学、厦门大学、武汉大学、四川大学等全国一流高校的研究生，近几年的考研录取率维持在40%左右。